Desa Pejaten adalah sebuah wilayah perdesaan yang mayoritas masyarakatnya adalah petani dan pedagang, dengan perkembangan jaman sekarang, penduduk yang semakin padat dan secara geografis perkembangan wilayah berubah dengan semakin banyaknya sarana dan prasarana umum yang ada di wilayah Desa Pejaten. Desa Pejaten sejak dulu dikenal masyarakatnya yang religius, konon Desa Pejaten dulunya disebut Pajatian, dikarenakan wilayahnya di bawah gunung pinang dan banyak ditumbuhi pohon jati.
Desa Pejaten masa kepemimpinan/jaro/kepala desa pertama tahun 1920 dan seterusnya ialah : 1. Jaro Dani, 2. Jaro Hamjah, 3. Jaro Abdul Karim. Mereka menjabat secara turun-temurun dan dalam waktu puluhan tahun.
Kepala desa yang melalui proses pemilihan yaitu : 1. H. Subari, 2. H. Rusdi, 3. H. M. Basri. Mereka menjabat kepala desa rata-rata dalam waktu 10 tahun.
Berikut ini masa kepemimpinan kepala desa dari tahun 2000-2027 :